Sasaran program BOS adalah semua sekolah SD/SDLB, SMP/SMPLB/ SMPT, dan SD-SMP Satu Atap (SATAP), baik negeri maupun swasta di seluruh provinsi di Indonesia yang sudah memiliki Nomor Pokok Sekolah Nasional (NPSN) dan sudah terdata dalam sistem Data Pokok Pendidikan (Dapodik).
Biaya operasi sekolah ditentukan oleh jumlah peserta didik dan beberapa komponen biaya tetap yang tidak tergantung dengan jumlah peserta didik, besar dana BOS yang diterima oleh sekolah dibedakan menjadi dua kelompok sekolah sebagai berikut :
1. Sekolah dengan jumlah peserta didik minimal 60, baik untuk SD/SDLB maupun SMP/SMPLB/Satap BOS yang diterima oleh sekolah, dihitung berdasarkan jumlah peserta didik dengan ketentuan:
a. SD/SDLB : Rp 800.000,-/peserta didik/tahun
b. SMP/SMPLB/SMPT/Satap : Rp 1.000.000,-/peserta didik/tahun
2. SD/SDLB/SMP/SMPLB/Satap dengan jumlah peserta didik di bawah 60 (sekolah kecil)
Bagi sekolah setingkat SD dan SMP dengan jumlah peserta didik kurang dari 60 akan diberikan dana BOS sebanyak 60 peserta didik. Kebijakan ini dimaksudkan agar sekolah kecil yang berada di daerah terpencil/terisolir atau di daerah tertentu yang keberadaannya sangat diperlukan masyarakat, tetap dapat menyelenggarakan pendidikan dengan baik.
Kebijakan ini tidak dimaksudkan untuk memunculkan sekolah kecil yang baru. Kebijakan ini tidak berlaku bagi sekolah-sekolah dengan kriteria sebagai berikut:
- Sekolah swasta yang menetapkan standar iuran/pungutan mahal; atau
- Sekolah yang tidak diminati oleh masyarakat sekitar karena tidak berkembang, sehingga jumlah peserta didik sedikit dan masih terdapat alternatif sekolah lain di sekitarnya; atau
- Sekolah yang terbukti dengan sengaja membatasi jumlah peserta didik dengan tujuan untuk memperoleh dana BOS dengan kebijakan khusus tersebut.
- SD/SMP/Satap yang berada di daerah terpencil/terisolir yang pendiriannya telah didasarkan pada ketentuan dan syarat yang ditetapkan oleh pemerintah. Daerah terpencil/terisolir yang dimaksud adalah daerah yang telah ditetapkan oleh Kementerian Desa, Pembangunan Daerah Tertinggal dan Transmigrasi; atau
- SDLB dan SMPLB; atau
- Sekolah di daerah kumuh atau daerah pinggiran yang peserta didiknya tidak dapat tertampung di sekolah lain di sekitarnya; dan
- Bersedia membebaskan iuran bagi seluruh siswa.
- Tim Manajemen BOS Kabupaten/Kota memverifikasi sekolah yang akan mendapatkan kebijakan khusus tersebut;
- Tim Manajemen BOS Kabupaten/Kota merekomendasikan sekolah kecil penerima kebijakan khusus dan mengusulkannya kepada Tim Manajemen Provinsi dengan dilampiri daftar sekolah berdasarkan Data Pokok Pendidikan (Dapodik);
- Tim Manajemen BOS Provinsi menetapkan alokasi bagi sekolah kecil berdasarkan surat rekomendasi dari Tim Manajemen BOS Kabupaten/Kota. Tim Manajemen BOS Provinsi berhak menolak rekomendasi dari Tim Manajemen BOS Kabupaten/Kota apabila ditemukan fakta/informasi bahwa rekomendasi tersebut tidak sesuai dengan kriteria yang telah ditetapkan.
a. SD = 60 x Rp 800.000,-/tahun = Rp 48.000.000,-/tahun
b. SMP/Satap = 60 x Rp 1.000.000,-/tahun = Rp 60.000.000,-/tahun
Khusus untuk Sekolah Luar Biasa (SLB), terdapat 3 (tiga) kemungkinan yang terjadi di lapangan:
- SDLB yang berdiri sendiri tidak menjadi satu dengan SMPLB, dana BOS yang diterima sebesar = 60 x Rp 800.000,- atau sejumlah Rp 48.000.000,-/tahun.
- SMPLB yang berdiri sendiri tidak menjadi satu dengan SDLB, dana BOS yang diterima sebesar = 60 x Rp 1.000.000,- atau sejumlah Rp 60.000.000,-/tahun.
- SLB dimana SDLB dan SMPLB menjadi satu pengelolaan, dana BOS yang diterima sebesar = 60 x Rp 1.000.000,- atau sejumlah Rp 60.000.000,-/tahun.
- Harus memberitahukan secara tertulis kepada orang tua peserta didik dan memasang di papan pengumuman jumlah dana BOS yang diterima sekolah;
- Mempertanggungjawabkan dana BOS sesuai jumlah yang diterima;
- Membebaskan iuran/pungutan dari orang tua siswa.